In un mondo sotterraneo costruito dall'uomo, i discendenti di una generazione ripudiata lottano per il controllo della città di Lux.
Ichise, un orfano diventato lottatore retribuito, perde un braccio e una gamba dopo aver osato alzare le mani sulla donna di un suo promoter. Sul punto di morire viene raccolto da una giovane dottoressa che lo usa come cavia per i suoi esperimenti sulla tecnologia Texhnolyze. Con i suoi nuovi arti, Ichise viene messo sotto la protezione di Onishi, il potente direttore dell'Organo, l'organizzazione che governa a Lux.
Mentre Ichise viene sempre più coinvolto nelle guerre per il controllo della città, viene a sapere del suo possibile futuro da una profetessa di nome Ran, la quale lo guida nei momenti più difficili. Con la guerra che incombe, Ichise deve scoprire la verità su Lux e lottare per la propria sopravvivenza, nonostante il destino che lo attende.
